Úplný začiatok histórie Gecko sa píše niekde v roku 1998, kedy ju začala písať spoločnosť Netscape. Pôvodne vyvýjané jadro pre Netscape Navigator 1.0 nemohlo v tejto dobe ešte konkurovať nijak rozšírenému a vtedy uznávanému jadro Internet Exploreru. V ejto dobe však bolo ešte priveľmi pomalé, šlo svojou cestou, vykreslovanie bolo zdĺhavé a kompatibilita prvkov nebola úplne stopercentná. Voľba ľudí skôr padala na IE pre jeho schopnosti rýchlejšieho a správneho vykreslovania stránok. Netscape svojho času trochu potrápil webmasterov, ktorí sa snažili optimalizovať stránky aj pre neho, pokiaľ obsahovali zložité scripty a podobne. Pod označením Mariner sa toto jadro upravovalo už od roku 1997. V lete 1998 však už pracovali na zdokonaľovaní Marineru a zároveň sa svojim vlastným tempom a smerom uberal vývoj Gecko. Mali ho použiť o niekoľko mesiacov do pripravovanej piatej verzie Netscape Navigator, lenže jeho vývoj bol zrušený.

Spustila sa Mozila bolo to v roku 1998 a nové jadro je vydané s open source licenciou. Celkom na začiatku dali celému jadru meno Raptor. Bohužiaľ tento názov nieslo viacero značiek v IT oblasti ako aj množstvo hardwaru. Pre narúšanie obchodných známok spoločností si jadro prevzalo iné meno, z počiatku Nglayout ako New generation layout. Až neskôr sa dočkalo jadro konečného názvu – Gecko. To bola ochranná známka ešte o pôvodného Netscapu, no predsa len sapodarilo prenechať Gecko Mozille a "jej" jadru.
Na jeseň roku 1998 spoločnosť netscape vyhlásila že ich nový prehliadač bude obsahovať jadro Gecko, to sa však ešte v tejto dobe volalo pod jej vtedajším menom Nglayout. Obecne boli užívatelia radi. Pracovníci, ktorí sa podieľali na vývoji vlastných vecí, vlastného jadra však boli sklamaní že ich snaženie a práca vyšla navnivoč keď sa preberá Gecko. Netscape Communicator 5.0 teda nebol nikdy dokončený podľa pôvodného plánu a ukončila sa práca aj na renderovacom jadre Mariner. Prvý Netscape, ktorý fungoval na Gecko bola šestka – teda Netscape 6 (rok 2000). Využili však neúplnú verziu Gecka, čo sa prejavovalo na pomalom chápaní prehliadača.

Vývoj neustále pokračuje a vyvýja sa. Vo svojich produktoch ho využila aj AOL, CompuServer 7.0 a podobne. V roku 2003 AOL ukončilo podporu vývoja Gecka a celé si Gecko vzalo na starosť Mozilla.
.